(Nota: esta sección contiene spoiler del manga)

Doce años atrás, el zorro demonio de las nueve colas, Kyûbi, atacó la Aldea Oculta de Konoha hasta que el líder, el cuarto Hokage, lo venció, sacrificando su propia vida para sellar al zorro en el interior de un niño recién nacido. El nombre de aquel niño era Naruto Uzumaki.

El cuarto Hokage fue recordado como héroe por sellar al zorro de nueve colas. Él quería que Naruto fuera recordado como un héroe también, pero éste creció con el desprecio de su pueblo, ya que lo veían como si fuera la reencarnación del zorro que había asesinado a sus familias y destruido su pueblo.

Naruto creció como un huérfano, sin amigos o reconocimiento excepto de su maestro Iruka, que había sido como él. Él no podía hacer volver a sus padres o forzar a la gente a ser sus amigos, así que buscó reconocimiento del único modo que conocía, con travesuras. Pero eso iba a cambiar pronto. Naruto está a punto de realizar el examen de graduación de la academia ninja, una puerta a acontecimientos y gente que cambiarán y definirán su mundo y su camino de ninja para el resto de su vida.

Naruto es asignado con dos compañeros de su misma edad, Sasuke Uchiha, quien también es su eterno rival y Sakura Haruno, de quien está enamorado, aunque ella está enamorada de Sasuke. Los tres forman el equipo 7 bajo la guía del experimentado jônin Kakashi Hatake. Cada uno con un sueño individual, se lanzará a aprender nuevas habilidades y técnicas para lograr su objetivo.

Tras algunas misiones con su grupo, tiene lugar uno de los dos exámenes anuales para alcanzar el rango de chûnin. El grupo de Naruto y otros más de Konoha, junto con otros ninjas de otras aldeas participan en la competición. Sin embargo, ésta se ve interrumpida por un ataque sorpresa que Orochimaru (un ninja renegado de Konoha), en alianza con la Aldea Oculta de la Arena, realiza. Esto provoca la muerte del tercer Hokage, y la forzosa elección de Tsunade para ocupar el puesto.

En el siguiente tramo de la historia, se revela que Sasuke es el último del clan Uchiha, porque su hermano mayor Itachi los asesinó a todos, y huyó de la aldea. La principal motivación de Sasuke es ser el mejor para poder matar a su hermano algún día, y hacer resurgir su clan. La aparición de éste buscando capturar a Naruto para la misteriosa Organización Akatsuki acelera la historia. Por otra parte, Orochimaru, en su ansia de poder, se fija en Sasuke, al cual convence para que se le una a cambio de fuerza para matar a su hermano. Finalmente Sasuke decide ir con Orochimaru. Durante el trayecto se suceden diversos combates entre el que se encuentra el combate entre naruto y sasuke en el Valle del Fin. Acaba así la primera parte de la historia.

En este punto, manga y anime divergen. En el manga se narra el Kakashi Gaiden, sobre el pasado de Kakashi, y se pasa luego a la siguiente parte, que ocurre tres años después de la marcha de Sasuke. En el anime, se inició la emisión de numerosas aventuras secundarias que supuestamente transcurren en esos tres años. Hay que decir que los capítulos de relleno no influyen para nada en la historia principal, por lo que se omite lo que ocurre en ellos como si no hubiese pasado, ya que en el manga esas historias no ocurren ya que Naruto se marcha inmediatamente a entrenar con Jiraiya. Este relleno ha sido alargado para dar tiempo a la historia del manga a avanzar lo suficiente. El día 15 de febrero de 2007 se retomó la historia principal en el anime, bajo el título de Naruto: Shippûden.

En la segunda parte de la historia, Naruto ha estado entrenando con Jiraiya, mientras que los demás han alcanzado ya rangos superiores, en su mayoría chûnin. La Organización Akatsuki reaparece, y se revela que su objetivo es capturar a los nueve Bijû, las legendarias bestias con colas, la más poderosa de las cuales es el Kyûbi que contiene Naruto. Primero se lanzan a por el Shukaku, la que hay dentro de Gaara, consiguiéndola. A continuación, un nuevo miembro se une al equipo de Naruto, para reemplazar a Sasuke, Sai, y un nuevo sensei mientras Kakashi se recupera, Yamato.

También aparecen dos nuevos miembros de Akatsuki entran luego en acción en las cercanías de Konoha, pero son detenidos por los ninjas de la aldea y la nueva técnica de Naruto.

Sasuke vence a Orochimaru y libera a quienes éste tenía presos en la aldea del Sonido. Sasuke reune un grupo de 3 personas con el proposito de ir en busca de Itachi para matarlo, este grupo es denominado como hebi (serpiente). Naruto se entera de que Sasuke ha matado a Orochimaru, y decide ir en busca de Akatsuki e Itachi, porque espera que así Sasuke y él coincidirán. De Konoha salen dos grupos de ninjas para esta misión.

En el camino Sasuke se encuentra con dos akatsukis, Deidara y Tobi, a quienes enfrenta. Deidara muere inmolándose y Sasuke sale mal herido.

Se descubre que Tobi es quien manipula a Pein, y por lo tanto podria ser el verdadero líder de Akatsuki, y además se llama a sí mismo Madara Uchiha, legendario fundador del clan. Itachi reta a un combate final a Sasuke en el escondite de los Uchihas, se descubre que Pein y su acompañante eran discipulos de Jiraya y se enfrentan en un combate.

Examen Chûnin – 3 de Noviembre

DESCRIPCION
Los preparativos para el próximo examen chûnin ya están listos. Todos los equipos que deseen participar deberán acercarse a la Aldea Escondida entre las Hojas para inscribirse. No se aceptaran participantes individuales, solo equipos de 3 gennins, de cualquiera de las aldeas ninjas.

Este examen se dividirá en tres partes, a través de las cuales se vera si los participantes cumples con los requisitos básicos para ser un ninja de nivel medio.

Primera Parte: Examen que busca evaluar los conocimientos, capacidades estratégicas, inteligencia, astucia y rapidez mental de los postulantes

Segunda Parte: Evaluara la capacidad de búsqueda, intuición, inteligencia y habilidades de combate.

Tercera Parte: Evaluara las capacidades de improvisación, combate y de generación de estrategias.

  

LÍNEA TEMPORAL
Han pasado 16 años desde que Yondaime Hokage venciera al Kyûbi, el demonio de nueve colas que asolo a Konoha. Tres años desde el fatídico ataque a la aldea por parte del sannin renegado Orochimaru, que costara la vida al Sandaime Hokage.

La sannin Tsunade, “Princesa de las Babosas”, es la actual Godaime Hokage de la aldea. Bajo su mando se han comenzado la persecución a la temida organización Atkatsuki, formada por criminales de rango S, y cuyo simple nombre atemoriza a los ciudadanos de casi todas las aldeas.

La Aldea Escondida de la Lluvia ha vivido recientemente un periodo de guerras y levantamientos internos. Su situación política es desconocida, y no se han visto ninjas de esta aldea fuera de su país. Se desconoce si Genins de la Lluvia participaran en el examen.